W repozytoriach nie ma chyba żadnego programu do kodowania base64, można poszukać czegoś np. na
freshmeat, albo napisać skrypt w perlu czy php.
W każdym razie, nazywanie tego szyfrowaniem jest trochę na wyrost - to po prostu kodowanie. Mając tekst zakodowany base64, bez problemu można otrzymać tekst wyjściowy.
Natomiast w przypadku md5, na wyjściu otrzymamy tzw. skrót wiadomości, na którego podstawie nie można obliczyć oryginalnej wiadomości. tak więc, dysponując np. dwoma skrótami haseł, można porównać, czy hasła są takie same (z dużym prawdopodobieństwem), natomiast nie można odczytać żadnego z nich.
Base64 ma zupełnie inne zastosowanie. Chcąc przesłać dowolne dane binarne (obraz, dźwięk), przez medium przeznaczone do przesyłania danych tekstowych (np. poczta elektroniczna), trzeba przetworzyć dane binarne w jakąś tekstową reprezentację (żeby np. niedrukowalne znaki kontrolne niczego nie popsuły). I w takim celu stosuje się m.in. base64.
Do haseł bym, w każdym razie, base64 nie używał, poza specyficznymi przypadkami. Pozostaje wybór między funkcją haszującą, jak MD5 czy SHA, a "normalnym" szyfrem.