Jest Winowy RegEdit, także możesz pogrzebać sobie po rejestrowych drzewkach Wine.
Niemniej z tego co się dowiedziałem na szybko w sieci, to ten cały program który szukasz polega na:
Wiele programów, nawet po odinstalowaniu, zostawia za sobą wpisy w rejestrze systemu Windows, spowalniając tym samym jego pracę. Registry Trash Keys Finder to bezpłatny i niewielki program, służący do przeszukiwania rejestru pod kątem zaśmiecających go, niepotrzebnych wpisów i umożliwiający usuwanie ich.
Sznurek info:
http://www.programosy.pl/program,regist ... inder.html
Czyli w zasadzie jak zamierzasz czyścić sobie rejestr Wine, to kompletnie nie przyda się Tobie ten program, bo...po co

A jakbyś zastanawiał się, czy samo Ubuntu ma rejestr - nie, nie ma

Systemy inne niż Windows żyją bez niego i mają się dobrze
Pewnie temat poleci do kosza (choć Szanowny Moderator mógłby połączyć posty przecież), bo tutaj jest cały temat o tym:
viewtopic.php?f=145&t=84105