Najprościej byłoby zainstalować system an tym małym dysku SSD i potem wybrane foldery przenieść na HDD. W drugą stronę, to w zasadzie całe /usr, /lib, /var, /bin wypadałoby przenieść. Najbezpieczniej byłoby to zrobić z poziomu systemu uruchomionego w sesji Live z CD/DVD lub USB. W razie czego taki ...