Najnowszą dostępną w tym momencie wersję (2.5.4) znajdziesz tutaj: http://www.getdeb.net/release.php?id=3733

W pliku /etc/fstab znajdź linijkę w której montujesz partycję windowsową, u mnie wygląda ona tak:

UUID=E8D4598DD4595EBE /windows ntfs defaults,umask=007,fmask=0117,gid=46,uid=1000 0 1
i zmień wartość 1000 na wartość uid Twojego użytkownika w systemie. Jeżeli nie znasz swojego uida, odczytasz go w ...

Możesz też skorzystać z suphp (aczkolwiek odpalanie skryptu php z uprawnieniami roota jest pokrętne i mało sekjurne). Metoda el.pescado wydaje się być najlepsza.

Aha, i uprawnij się że masz wyłączone / odpowiednio skonfigurowane safe_mode (kiedy ten relikt przeszłości zniknie?... )