Ja bym powiedział, że lepiej by było zamiast logować się na admina zmienić uprawnienia do katalogu, do którego potrzebujesz mieć dostęp: chmod 777 nazwa_katalogu

Mam zainstalowaną i Javę i Firefoxa na 11.10 i nie ma problemów ani z jednym ani drugim. dist-upgrade nie pomaga?