No tak, Eclipse uruchamiany z menu to Eclipse zainstalowany z pakietów a ten co ściągnąłeś to wersja z eclipse.org do instalacji samodzielnej. To co wybierzesz, to już kwestia Twoich preferencji. Widzę, że skoro doszedłeś już do instalatora pluginów, to faktycznie zaczynasz ogarniać. :-)
To co ...

Wracając do tematu, co Ci nie działa? Eclipse wystarczy rozpakować i mamy tam plik uruchamialny. Oczywiście potrzebujesz do tego Javy, którą możesz np. zainstalować z repo, ale tam paczki nie są najaktualniejsze, więc jeśli Ci na tym zależy to ściągnij sobie z JDK ze strony http://java.sun.com ...