w sumie, to już nie wiem, co ty chcesz zrobić. na odtwarzaczu sprzętowym to oglądać, skoro tak bardzo ci zależy na parametrach zgodnych z mp2?
co do formatu pliku, co ci szkodzi zmienić 48 kHz na inną wartość? mnie tak wykonany plik się odtwarzał (w mplayerze, co może jest wadą, bo on łyka wszystko - ale pewnie w innych programach też by biegał).
na parametrach plików się nie znam, bo prawda jest taka, że mało mnie to obchodzi - dzisiejsze odtwarzacze sprzętowe (zwłaszcza niefirmowe) odtwarzają chyba prawie wszystko. zresztą, to nie dziwne, bo zdaje się, że np. manta ma w sobie kod mplayera.
jak znasz dokładną charakterystykę wymaganego formatu, to zmień parametry na takie, jakie chcesz. w moim pliku dźwięk był.
ffmpeg na pewno nie powinien mieć rozszerzenia. linux to nie windows. (no, chyba, że był skompresowany). jeśli to po prostu plik binarny, to zmień mu raczej atrybut na wykonywalny. w terminalu wejdź do katalogu, gdzie leży ten plik i napisz
możesz to zresztą zrobić graficznie pod gnome/kde, w właściwości/atrybuty. zaptaszkuj pole "wykonywalny".
do tego możesz na sieci znaleźć:
1. skrypty typu divx2vcd - oparte albo na mencoderze, albo na transcode (trzecia możliwość, obok ffmpeg). Masz je tutaj:
http://dvdripping-guid.berlios.de/ - tworzą typowe mpeg zgodne z VCD, SVCD oraz inne, niestandardowe (dłuższy czas nagrania, niższa jakość). ponieważ to nakładki na mencoder/transcode, to zasada jest taka, że konwertują to, co te programy umieją odtworzyć. mplayer chyba wszystko, więc flv też przerobią (przynajmniej jeden z nich).
2. pakiet tovid - oparty chyba na mencoderze lub ffmpeg (do wyboru w konfiguracji) - powinien być w repozytoriach. jest to skrypt (lub kilka skryptów), który tworzą pliki video zgodne 100% z parametrami odtwarzaczy sprzętowych DVD, chyba nawet włącznie do etapu wygenerowania pełnego .iso, gotowego do wypalenia na płycie. łącznie z menu itp. - uzyskasz taki plik, jak chcesz.
istnieje na to nakładka graficzna - pewnie też w repozytoriach. jak nie, to googlaj.
a opóźnień przy konwersji nie będzie. na starszym kompie przy oglądaniu czasem miałem takie sensjacje, ale przy konwersji - nigdy, bo tam na pewno jest włączana opcja "no frame drop" (czy jak tam się nazywa).
poza tym, do konwersji, to ja stosuję avidemux - jedyny problem jest jednak taki, że on flv raczej nie otwiera.
(tak sobie pomyślałem, że jak nie umiesz odpalić ffmpeg, to możesz nie wiedzieć, co zrobić ze skryptami berlios - skopiuj ze strony, wklej do gedit'a - pierwsza linia musi być #!/bin/bash - potem zapisz pod nazwą np. divx2vcd - nadaj atrybut wykonywalności poleceniem jak wyżej, a potem najłatwiej ci będzie wrzucić skrypt i film do tego samego folderu, wejść tam i wpisać coś w tym stylu:
powinno ci pójść gładko. jak nie, to wbijaj do mnie na gg. jestem zwykle od 9 do 17.)
Nie wiem tylko, na co mi się antypatia M$ w tej chwili przyda, pewnie do kłopotów z WMV w przyszłości. 
