Uruchamiamy po kolei:
Menu System>
Preferencje>
Klawiatura>
Zakładka Layouts (2 od lewej) [patrz obrazek]:

Klikamy Layout Options>
Wybieramy Alt/Win key behavior i z podlisty zaznaczamy 'Super is mapped to Win-keys:

Teraz wciskając WIN-key będzie działał nam jak klawisz SUPER:)
PS. Mój pierwszy poradnik pod UBUNTU:P Są podobne wyjaśnienia na forum, ale nie ma dokładnej odpowiedzi jak to zrobić, bądź jest inny sposób niż ten, który wg. mnie jest prosty.