Instalacja z paczki .deb/kompilacja Molsketch

[kruk1410]

Witam od jakiegoś czasu szukałem dobrego, linuksowego programu do rysowania struktur chemicznych 2D. Na stronie "linuks for chemistry" znalazłem kilka propozycji, ale te które znajdowały się w paczkach .deb były często wersjami beta, bardzo niestabilnymi a do tego otrzymane wzory strukturalne wyglądały nieestetycznie. Aplety w Javie są nieco lepsze ale to też nie to.

Interesujący wydał mi się Molsketch ale mam dwa problemy ;] Otóż starsza wersja jest do ściągnięcia w paczce .deb ale przy próbie instalacji wyświetla się monit:

Kod: Zaznacz cały

Nie można spełnić zależności:
libopenbabel1

Z tym że zainstalowałem wcześniej tę bibliotekę w wersji 3 a szukanie poprzez

Kod: Zaznacz cały

sudo apt-cache search libopenbabel

Pokazało że to jedyna dostępna wersja. Reinstalacja też nie pomogła.

Ponieważ to i tak starsza wersja, postanowiłem spróbować kompilować. Z opisów wydawało się to dość proste, znalazłem plik INSTALL wrzuciłem potrzebne pakiety, łącznie z tymi o których braku poinformował mnie cmake. Ale znowu ściana - komunikat:

Kod: Zaznacz cały

piotr@piotr-desktop:~$ cd Molsketch-0.2.0-Source/build/
piotr@piotr-desktop:~/Molsketch-0.2.0-Source/build$ cmake ..
-- Unit testing enabled, run make test to run them
creating /home/piotr/Molsketch-0.2.0-Source/build/libmolsketch/src/include/molsketch
UIS = /home/piotr/Molsketch-0.2.0-Source/libmolsketch/src/reactionarrowdialog.ui;/home/piotr/Molsketch-0.2.0-Source/libmolsketch/src/mechanismarrowdialog.ui
UIS = /home/piotr/Molsketch-0.2.0-Source/molsketch/src/drawwidget.ui;/home/piotr/Molsketch-0.2.0-Source/molsketch/src/settings.ui
-- Test:  valence
CMake Error: The following variables are used in this project, but they are set to NOTFOUND.
Please set them or make sure they are set and tested correctly in the CMake files:
OPENBABEL2_INCLUDE_DIR
   used as include directory in directory /home/piotr/Molsketch-0.2.0-Source/libmolsketch/src
   used as include directory in directory /home/piotr/Molsketch-0.2.0-Source/molsketch/src
   used as include directory in directory /home/piotr/Molsketch-0.2.0-Source/tests

-- Configuring incomplete, errors occurred!

Widziałem jeden temat z podobnym problemem, ale nikt nie podał rozwiązania, pomożecie?

[simon532]

Może ta strona: http://sourceforge.net/projects/openbabel/files/
coś pomoże. Program woła o libopenbabel 1 stąd te błędy moim zdaniem.

[kruk1410]

Tak miałeś rację brakowało tej biblioteki, też trzeba było ją skompilować :] Ale to poszło gładko. Potem kompilacja też była szybka i instalacja też, jednak program nie odpala. Poniżej zamieszczam co widziałem przy instalacji (ponownej) i próbie odpalenia programu:

Kod: Zaznacz cały

piotr@piotr-desktop:~/Molsketch-0.2.0-Source/build$ sudo make install
[ 89%] Built target molsketch_LIB
[ 98%] Built target molsketch
[ 99%] Built target valencetestmoc
[100%] Built target valencetest
Install the project...
-- Install configuration: "Debug"
-- Up-to-date: /usr/local/lib/libmolsketch.so
-- Installing: /usr/local/share/molsketch/library
-- Up-to-date: /usr/local/share/molsketch/library/Benzene.cml
-- Up-to-date: /usr/local/share/molsketch/library/Cyclohexane.cml
-- Up-to-date: /usr/local/share/molsketch/library/Toluene.cml
-- Up-to-date: /usr/local/share/molsketch/library/Cyclobutane.cml
-- Installing: /usr/local/share/molsketch/library/custom
-- Up-to-date: /usr/local/share/molsketch/library/custom/morphine.mol
-- Up-to-date: /usr/local/share/molsketch/library/custom/bromothymolblue.mol
-- Up-to-date: /usr/local/share/molsketch/library/Cyclopentane.cml
-- Up-to-date: /usr/local/bin/molsketch
-- Installing: /usr/local/share/doc/molsketch/doc
-- Installing: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/cs
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/cs/index.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/cs/basic.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/cs/features.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/cs/advanced.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/cs/thank.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/cs/faq.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/cs/molsketch.adp
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/cs/overview.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/cs/install.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/cs/files.html
-- Installing: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/nl
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/nl/index.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/nl/basic.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/nl/features.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/nl/advanced.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/nl/thank.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/nl/faq.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/nl/molsketch.adp
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/nl/overview.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/nl/install.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/nl/files.html
-- Installing: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/en
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/en/index.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/en/basic.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/en/features.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/en/advanced.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/en/thank.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/en/about.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/en/faq.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/en/molsketch.adp
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/en/overview.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/en/install.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/doc/molsketch/doc/en/files.html
-- Up-to-date: /usr/local/share/applications/molsketch.desktop
-- Up-to-date: /usr/local/share/pixmaps/molsketch.xpm
-- Up-to-date: /usr/local/share/icons/hicolor/128x128/apps/molsketch.png
piotr@piotr-desktop:~/Molsketch-0.2.0-Source/build$ molsketch
molsketch: error while loading shared libraries: libmolsketch.so: cannot open shared object file: No such file or directory
piotr@piotr-desktop:~/Molsketch-0.2.0-Source/build$ 

Co może być przyczyną, że program nie może znaleźć tego pliku? Jeśli to coś pomoże, program jest na liście programów w menu gnome ale nie ma go na liście zainstalowanych w Centrum Oprogramowania.

A, chciałem wcześniej zbudować sobie z tego paczkę instalacyjną ale otrzymałem coś formatu .tar.Z

[jankro]

Cześć!

Niestety pakiet molsketch_0.1.1deuterium-1_i386.deb ma błąd, który uniemożliwia uruchomienie zainstalowanego programu.
Zainstaluj sobie trochę starszą wersję: molsketch_0.1.0hydrogen-1_i386.deb ze strony:
http://sourceforge.net/projects/molsket ... b/download

Odnośnie biblioteki libopenbabel1 to pakiet ten dobrze współpracuje z
libopenbabel1_2.0.2-1_i386.deb, który można pobrać ze strony:
http://packages.debian.org/etch/i386/li ... 1/download

Co prawda, pakiet ten nie tworzy skrótu w menu, ale można go bez problemu wywołać w
terminalu. Możesz też stworzyć sobie do niego skrót np. na pulpicie lub w katalogu
/usr/share/applications.

Powodzenia!

[kruk1410]

Cóż spróbuję, ale co mam zrobić z niedoinstalowaną wersją 0.2 ? No i nie ukrywam, że skoro doszedłem tak daleko, żal mi to zostawiać..

Rozwiązałem problem, ponieważ wyglądało na to że niektóre pliki się nie kopiowały przy instalacji spróbowałem skompilować z konta roota:

Kod: Zaznacz cały

sudo su
make install

i poszło. Zachowałem sobie pliki Cmake bo dzięki nim mogę odinstalować aplikację bezproblemowo.