1. Spoko

2. Katalog /usr może modyfikować user, który ma prawa do zapisu w tym katalogu. Podczas instalacji możesz modyfikować zawartość tego katalogu, bo nadajesz sobie uprawnienia roota za pomocą sudo. Tak samo możesz z tego katalogu usuwać pliki, czy robić z nimi cokolwiek, dodając sudo przed komendą.
Czy mogę instalować "na tym" i nie będzie to miało wpływu na działanie tego programu?
Nie widzę przeszkód, mało prawdopodobne, żeby coś się popsuło.
Możesz te pliki z "texworks" usunąć, ale przypuszczam, że one nie pochodzą z pakietu texworks. Najbezpieczniej będzie je pozostawić, choć możesz je też usunąć (osobiście bym sobie dał spokój), ale wtedy warto zrobić ich kopię, jakby co:
Kod: Zaznacz cały
mkdir ~/texworks-backup
cp -r /usr/share/texmf/context/data/texworks /usr/share/texmf/scripts/context/lua/mtx-texworks.lua ~/texworks-backup
3.
Obawiam się, że ies4linux jest nie tylko w katalogu .wine. Czy rm -r *ies4linux* ma jakiś sens? Nie przypuszczam, żeby inne aplikacje (programy, pakiety, czy jak to się powinno nazywać) zawierały w całości to wyrażenie...
Ta komenda nie bardzo ma sens. Najlepiej poszukaj np. za pomocą locate gdzie to się znajduje. Procedura instalowania ies4linux to jest tylko ściągnięcie, rozpakowanie i podmiana katalogu, więc raczej samo się nigdzie nie rozniosło.